Según los historiadores Nuestra Señora de Belén es la devoción más antigua y continua de Puerto Rico. De acuerdo con las novenas de Padre Jerónimo Usera, deán de la Catedral de San Juan en la segunda mitad del siglo 19, la tabla (cuadro original) apareció en el año 1511. Mientras tanto otros historiadores dicen que fue entre 1521 y 1522.
Aunque no hay evidencia histórica de que esos hayan sido los años, lo que sí se afirma es que es la devoción y culto a la Virgen más antiguo de Puerto Rico. La tradición en la capital era que el domingo después de Reyes se llamaba el Domingo de Belén. Ante la reforma litúrgica del Concilio ese domingo se conoce como el Bautismo del Señor. Por esta razón la Conferencia Episcopal de Puerto Rico pidió que se diera una memoria propia a la Virgen de Belén y se incluyó fijándola el 3 de enero.
Aunque con el tiempo el elemento mariano decayó, este se mantuvo vigente hasta 1972, fecha en que hurtaron el cuadro que originalmente se encontraba en la Capilla de Belén en la iglesia San José en Viejo San Juan. A partir del 2008 resurgieron una serie de elementos que revivieron la devoción.
Cuenta la creencia popular que en Belén a unos 300 pasos de la Gruta de la Natividad, se encuentra una cueva excavada en roca, llamada la Gruta de la Leche. Se dice que allí mientras la Virgen María amamantaba al Niño, una gota de leche cayó en la piedra de la gruta, y esta se puso blanca.
Durante siglos las mujeres que quieren dar a luz o tener un embarazo saludable beben un poco de la arena diluida en agua y hacen una oración donde piden a la Virgen que interceda por ellas. Desde entonces son muchos los milagros ocurridos tanto en Puerto Rico como en otras partes del mundo donde mujeres estériles o con dificultades para quedar embarazadas han podido concebir.